Bom, como todos sabem os nossos Source Ports estão ficando muito avançados e com suportes a modelos 3D, apesar de ainda de extensão antiga (MD2, MD3), é muito bem usado se em mãos certas!
Neste tutorial irei tentar ajudar ao máximo vocês, ensinar e etc.
Programas:
Estarei sempre usando programas grátis e de grande poder. Por enquanto há necessidade de 2 programas:
Blender 3D
PythonO link do Python está direto na versão que precisamos, Python 2.6.4, Blender precisa desta versão para poder criar seus scripts, que são para animação/renderização customizada por script (isso mesmo, você cria um script e partir dele o blender interpreta e renderiza da forma que foi escrita). Lógico, não é obrigatório ter o Python, você terá 90% do Blender funcionando, apenas não poderá criar scripts para outras coisas, mas dá pra fazer tudo no Blender, animação e tudo mais sem o Python, mas é bom ter. (:
Imagens de demonstração feitas no Blender:
Para mais informações, imagens, tutoriais e outras coisas:
http://www.blender.org
http://www.blender.com.br
Comunidades no Orkut tem bastante coisa e uma comunidade bem ativa.
Logic (F4): Ainda não pra que serve :/ Mas logo atualizo isso com o que realmente é
Script: Aqui você cria scripts com o Python pelo Blender para criar outros efeitos maneiros 
(também usado para criação de jogos).
Shading (F5): Local para controle de textura, shading, RGB tudo dentro deste gênero.
Lamp: Você pode controle os objetos de luzes aqui. (:
Material: É onde toda informação da textura do Modelo ficará, não importante se será uma simples mistura de cor, ou texturas ou até mesmo efeitos de profundidade.
Texture: O próprio nome diz, aqui você define a textura 
Podendo ser imagem ou efeito de profundidade.
Radiosidade: Bom, aqui devemos controlar alguns efeitos que ainda não estou familiarizado, mas dá pra tirar uma ideia do nome.
World: Aqui controlamos alguns efeitos do MUNDO. Podendo travar FPS caso seja animação/jogo, podendo criar efeito de tela como imagem d'água. E muito mais.
Objeto (F7): Aqui nós mexemos no objeto inteiro, não com linhas, vértices, mas o modelo inteiro, podendo causar alguns efeitos nele todo 
Editing (F9): Agora sim, nesta parte mexemos em cada vértice, aresta do modelo 
Scene (F10): Aqui configuramos TUDO antes de renderizar, seria como resolução, onde a imagem pode ser salva, se terá céu, sombra, como será animação, sons, quadros por segundo da animação e enfim. (:
